阿蘇の山は温度差が激しい
気候は平地と同じく太平洋側気候に属するが、
夏季冷涼・冬季厳寒である。温暖な九州地方にもかかわらず、
特に海抜の高い山頂では亜寒帯湿潤気候（D 冷帯）寄りの気候である。
冬の訪れがかなり早く例年11月初頭から中旬頃に初雪を観測し、
12月に入ると本格的な冬となる。
年間平均気温は7℃・夏季の平均気温は約20℃、
8月の平均最低気温は15℃、冬季の平均気温が-3℃、
1月の平均最低気温は約-6℃とそれぞれ九州の他地域と比べると大幅に低い。
気温は-10℃未満の日も珍しくなく、
寒気の接近や冷たい空気に覆われた場合は、
-20℃前後まで達することがある。
最高気温0℃以下の真冬日が30日以上と多い。
積雪は多いところで100cmを超えるものの、
豪雪地帯には指定されていない。
標高が1,000m以上と高いため、
夏場でもこれまで真夏日を観測したことは全く無い。
（最高気温の記録は1956年8月4日に観測された29.7℃。）また、
避暑地としても利用できる。
朝は最低気温が真夏でも15℃以下と涼しく、
時には11℃未満の一桁まで下がり寒さを感じることがある。
降水量は年間降水量で3,200mmと大変多く多雨である。
そのため、梅雨の時期は土砂降りの天候が続く。
多量に降る雨から、その豊富な雨水が大地を潤し、
県の地下水資源ともなっている。
